Bei den kürzerwelligen Rhythmen des Spektrums (Abb. 1, unterhalb des Tagesrhythmus) handelt es sich dagegen um rein endogene autonome Funktionsschwankungen, die in keinem unmittelbaren Bezug zu Rhythmen der Umwelt stehen.
Dafür zeigt sich in diesem Bereich ein besonderes Organisationsprinzip (Abb. 6): So finden sich die höchstfrequenten rhythmischen Vorgänge im Bereich des Nervensystems. Sie dienen hier dem Informationswechsel, d.h. der Aufnahme, dem Transport und der Verarbeitung von Informationen, die zu rhythmischen Signalen verschlüsselt werden.

Die langsamen Rhythmen des autonomen Bereichs dienen dagegen vornehmlich dem Stoffwechsel und seinen Funktionsbereichen, sie ordnen Stoffaufnahme und –ausscheidung, Verdauung, Sekretion und Energiespeicherung. Während die Infomationsrhythmen streng an höchst differenzierte räumliche Strukturen des Nervensystems gebunden sind, betreffen die Stoffwechselrhythmen mehr oder weniger alle Gewebe, sind räumlich viel weniger spezifiziert.
Den Übergang zwischen diesen beiden so gegensätzlichen Funktionsbereichen bildet das System der rhythmischen Transport- und Verteilungsfunktionen, insbesondere mit den Rhythmen von Kreislauf und Atmung.